PyMol-Demo Kurzanleitung
Dies ist eine kurze Beschreibung der in PyMol eingebauten Skriptsprache. Diese Demo unterstützt
nur einen Teil dieser sehr mächtigen Befehle. Alle Beispiele basieren auf dem Protein
Hämoglobin.
Liste der Befehle:
show view
rotate axis,angle
turn axis,angle
move axis,distance
set property,value
set_color name,[red,green,blue]
color name
zoom
show view
- der Parameter view kann folgende Werte annehmen:
show lines
|
show sticks
|
show spheres
|
show dots
|
show cartoon
|
show ribbon
|
show surface
|
show mesh
|
|
Spezielle Skripts:
Skript: Cartoon (color)
|
Skript: Transparency
|
rotate axis,angle
- Drehung um eine Raum-Achse: Der Parameter axis steht für x,y und
z, die drei Achsen des Raumes. angle gibt
den Drehungswinkel in Grad an.
show sticks
rotate x,45
|
show sticks
rotate y,45
|
show sticks
rotate z,45
|
turn axis,angle
- Drehung der Kamera um eine Raumachse: Der Parameter axis steht für x,y und
z, die drei Achsen des Raumes. angle gibt
den Drehungswinkel in Grad an.
move axis,distance
- Bewegung der Kamera entlang einer Raumachse: Der Parameter axis steht für x,y und
z, die drei Achsen des Raumes. distance gibt
die Verschiebung an.
show sticks
move x,10
|
show sticks
move z,50
|
set property,value
- Setzt eine PyMol-Statusvariable
set_color name,[red,green,blue]
- Definition einer Farbe: name vom Benutzer vergebener Farbname.
red,green,blue Fließkommawerte im Bereich von 0.0-1.0, die für den
Rot, Grün und Blauanteil der selbstdefinierten Farbe stehen.
Beispiel:
set_color rot,[1.0,0.0,0.0]
color name
- Setzen einer Farbe: name existierender Farbname.
Tabelle mit vordefiniereten Farben
| white | |
black | |
blue | |
green | |
red | |
| cyan | |
yellow | |
magenta | |
salmon | |
lime | |
| slate | |
hotpink | |
orange | |
yellowgreen | |
bluegreen | |
| blueviolet | |
marine | |
olive | |
purple | |
teal | |
| ruby | |
forest | |
deep | |
grey | |
carbon | |
| nitrogen | |
oxygen | |
hydrogen | |
brightorange | |
pink | |
| firebrick | |
chocolate | |
wheat | |
violet | |
density | |
color yellow
show ribbon
|
set_color water,[0.72,0.67,0.94]
color water
show ribbon
|
zoom
- Passt das Molekül an die Größe der Grafik an.
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Principal Scientist
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Voice (650)-346-1154
Diese Demo ermöglicht es, mit Hilfe des
PymMol-Pakets (v0.99) Moleküle in dreidimensionaler
Ansicht darzustellen. Dieses sehr mächtige Python-Programm mit einer Tcl-Tk-Oberfläche
kann um einiges mehr als diese Anbindung bieten kann.
Für ein ernsthaftes Arbeiten empfiehlt es
sich, das Paket über die PyMol-Homepage zu
beziehen. Alle Beispiele auf dieser Seite wurden diesem Paket entnommen. Die PDB ID Abfrage basiert auf den
Daten von Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB).
Die lokale Kopie dieser Datenbank beinhaltet 36042 Dateien und hat den
Stand vom 02.05.2006 18:39:00.
